Iso suomen kielioppi on tarkoitettu hakuteokseksi, eikä se jo laajuutensakaan vuoksi tarjoudu yhtäjaksoisesti luettavaksi. Teos käsittää kolme pääosaa: Sanat, Rakenne ja Ilmiöt. Näistä kaksi ensimmäistä on jaettu edelleen pääjaksoihin, joiden alle varsinaiset luvut sijoittuvat. Ilmiö-osan lukujen kesken ei ole hierarkiaa, ja luvut ovat toisistaan riippumattomia. Kaikkiaan lukuja on 42. Luvut rakentuvat pykälistä, ja kirjan kaikki sisäiset viittaukset ovat pykälien välisiä; myös esimerkki, asetelma tai taulukko voidaan osoittaa pykäläviitteessä kirjaimella tai numerolla. Jäsennyksen helpottamiseksi luvun sisällä on myös alaotsikoita ja kullakin luvulla on oma yksityiskohtainen sisällysluettelonsa.
Ensimmäiseen osaan Sanat kuuluvat äännerakenteen, taivutuksen sekä sananmuodostuksen kuvaukset. Osista sivumäärältään laajin on Rakenne, joka on myös kategorialähtöinen: siihen sisältyvät sekä lauseen rakennetta ja lauseen jäseniä että puhutun kielen lausumia käsittelevät luvut, eri sanaluokkia ja niiden muodostamia lausekkeita koskevat luvut ja lauseiden ja vuorojen yhdistämistä koskevat luvut. Yhdyslause ja puhutun kielen vieruspari ovat laajimmat ISK:ssa käsitellyt kielelliset kokonaisuudet. Tekstitason semanttis-pragmaattisia ilmiöitä sivutaan luvussa Määräisyys ja viittaaminen.
Rakennetta käsitteleviä lukuja täydentämässä ovat tavanomaisesta äänne–morfeemi–sana–lauseke–lause-hierarkiasta poikkeavat Ilmiöt-osan luvut, joissa käsitellään ensinnäkin sellaisia kieliopin ilmiöitä, joita ei ole luontevaa kytkeä mihinkään yksittäiseen kategoriaan. Esimerkiksi kongruenssi ja sanajärjestys ovat monella tasolla toimivia ilmiöitä, passiivin tehtävässä on useampia erirakenteisia ilmauksia, ja sijamuotoja tarkastellaan omassa luvussaan kokoavasti merkityksen ja funktion kannalta, vaikka niitä luonnollisesti käsitellään myös lauseenjäsenten yhteydessä. Toiseksi Ilmiöt-osassa on lukuja, joissa lähtökohtana on jokin merkitys tai puhefunktio kuten kielto, aspekti, tempus, käsky, kysymys tai referointi. Jako rakenne- ja ilmiölukuihin on johtanut paikoin lievään päällekkäisyyteen, mikä voi hakuteoksessa olla hyödyllistäkin. Eri luvuissa on käsiteltävään seikkaan kuitenkin eri näkökulma. Kullakin kielioppiseikalla on jokin kotipaikka, jonka lukija löytää sisäisten viittausten avulla.
Luvut jakautuvat pykäliin, jotka on numeroitu juoksevasti läpi teoksen. Pykälien teksti on kuvailevaa ja erittelevää; keskeisistä käsitteistä esitetään kotipaikassaan määritelmä, ja käsite on tällöin sellaiseksi osoitettu kapiteelein. Luvuissa on kahdenlaisia pykäliä: varsinaista leipätekstiä sisältävien lisäksi on vähäisempi määrä taustoittavia pykäliä, joissa mm. perustellaan, miksi jokin uudennos on otettu käyttöön, esitellään käsiteltävään asiaan vaihtoehtoisia nimityksiä ja näkemyksiä tai asetetaan jokin suomen kieltä koskeva seikka yleisempään kehikkoon. Nämä pykälät erottuvat typografisesti varsinaisista pykälistä myös lukujen sisällysluetteloissa. Kaikki teoksen sisäiset viittaukset on tehty pykälien kesken. Kolmas tekstilaji ovat pykälien lopussa sijaitsevat huomautukset, joissa on pikku lisätietoja.
Kirjallisuusviitteitä on sijoitettu tekstiin vain taustoittavissa pykälissä ja huomautuksissa, muuten pykälän tai jakson jäljessä mainitaan yhteen tai useampaan edeltävään pykälään liittyvää kirjallisuutta. Luvusta toiseen käytettyjä lähteitä kuten käsikirjoja ei ole joka kerta toistettu; kirjallisuusviitteet osoittavat, milloin on sovellettu jonkun ajatuksia tai otettu alkuperäistutkimuksesta esimerkkejä. Kunkin luvun lopussa on kirjallisuusluettelo, ja tarkemmat tiedot näistä on teoksen lopussa olevassa yhtenäisessä kirjallisuusluettelossa.
Teoksen lopussa oleva hakemisto on jäsennetty niin, että se ohjaa keskeisiin kohtiin, joissa termiä on käytetty. Hakemistosta viitataan sivunumeroihin; lihavoitu numero ohjaa löytämään määritelmän. Hakemistossa on myös termejä, joita ISK:ssa ei käytetä, esim. indefiniittipronomini, kehysadverbiaali, omistusliite, ja niille on osoitettu ISK:ssa käytetty vaihtoehtoinen nimitys.
Edellinen