Morfofonologinen vaihtelu tarkoittaa sitä, että morfeemiin kuuluvalla äännesegmentillä on erilaiset foneemiedustumat eri ympäristöissä. Tällaisella morfeemilla on toisin sanoen erilaisia allomorfeja. Morfofonologista vaihtelua ilmenee niin sanavartaloissa kuin suffikseissakin. Vartalonvaihtelua edustavat esim. tapaukset pilli : pille-issä ja laskin : laskime-n. Suffiksaalista vaihtelua taas on esim. etu- ja takavokaalin vaihtelu taivutustunnuksessa (-ssa ~ -ssä, -vat ~ -vät) tai imperfektin (-i ~ -si) tai illatiivin tunnusten vaihtelu (-Vn ~ -hVn ~ -seen).
Johdinten edellä sanavartalossa esiintyy jonkin verran enemmän morfofonologista vaihtelua kuin taivutustunnusten edellä (» § 159): johtimen aiheuttamat vartalonloppuiset vokaalimuutokset voivat koskea muitakin kuin vokaaleja a, ä, e ja i, ja vartalonmuutoksia aiheuttavissa johtimissa on muitakin kuin i-vokaalilla alkavia. Yleisesti ottaen johtimet aiheuttavat vartalovokaalin vaihtelua epäsäännöllisemmin kuin taivutustunnukset.
Tässä luvussa käsitellään sanavartalon fonologista vaihtelua sanan taivutusmuodoissa. Mukana ovat vaihteluista keskeisimmät: astevaihtelu (» § 41 – 44) sekä vartalonloppuinen vokaalivaihtelu taivutustunnusten edellä (» § 45 – 52).
Huom. Lisäksi esiintyy vaihtelua t ~ s sanavartalon viimeisen tavun alussa niin verbeissä (» § 72, 113 – 114) kuin nomineissakin (» § 66): kiitä- : kiiti ~ kiisi, punerta- : punersi, hypät- : hyppäsi; vesi : vete-, neljänte- : neljänsi-. Muita taivutuksen konsonanttivaihteluita ovat esim. s ~ ks (varis : varikse- » § 66), m ~ n (lumi : lun-, mauton : mauttoma- » § 66, 87), s ~ t ~ d ~ ks (lapsuus : lapsuute- : lapsuude- : lapsuuks(i)- » § 66, 177), ts ~ t (merkitse- : merkit- » § 332).